我院坚持以科学发展观统揽医院工作全局,围绕不断提高应对突发公共卫生事件的救治能力和解决群众"看病难、看病贵"问题两项使命，促进传染病学科发展，进一步强化医院内涵建设。2006年年初，根据医院"十一五"发展规划，医院制定了<<南昌市第九医院学科划分及病人收治规定>>，以进一步将传染病专科做精、做细、做强、做大。
    根据传染病学科发展需要，结合医院实际情况，将原肝病病区和外科划分为肝硬化科、肝衰竭科（重症肝病科）、中医肝病科、慢性肝炎科、妊娠肝病科（兼收代谢性肝病）、肝脏肿瘤科和围肝外科等。
    肝硬化科研究及发展方向为：肝硬化的发病机制、诊断及治疗；难治性腹水的处理；简易腹水浓缩技术的应用与推广；开展肝干细胞治疗肝硬化研究。主要收治中、晚期肝硬化和急性传染病，争取5年内打造成全省知名的江西省肝硬化（腹水）治疗中心。
    肝衰竭科研究及发展方向为：重症肝炎的发病机制、诊断及治疗；人工肝技术的临床应用；开展生物人工肝肝细胞移植及肝干细胞治疗重症肝炎的研究。主要收治各种重症肝炎，争取5年内打造成全省乃至全国知名的江西省重症肝炎救治中心。
    中医肝病科研究及发展方向为：重点开展对慢性肝炎和早期肝硬化的中西医结合治疗；以收治急、慢性肝炎和早期肝硬化为主。
    慢性肝炎科研究及发展方向为：主要进行慢性肝炎抗病毒的规范化治疗研究。以收治慢性肝炎为主。
    妊娠肝病科研究及发展方向为：重点开展妊娠肝病的治疗和母婴阻断的研究。以收治妊娠肝病和代谢性肝病为主。
    肝脏肿瘤科研究及发展方向为：重点开展肝脏肿瘤的介入治疗和化疗；以收治肝脏肿瘤为主。
    围肝外科研究及发展方向为：研究及开展肝、胆外科疾病的手术治疗。
    中医门诊以中医中药为主开展对慢性肝炎的中西医结合治疗。